（一）關(guān)于視為認(rèn)可竣工結(jié)算文件

    《司法解釋》第二十條規(guī)定，當(dāng)事人約定，發(fā)包人收到竣工結(jié)算文件后，在約定期限內(nèi)不予答復(fù)，視為認(rèn)可竣工結(jié)算文件的，按照約定處理。承包人請求按照竣工結(jié)算文件結(jié)算工程價款的，應(yīng)予支持。
    《最高人民法院關(guān)于發(fā)包人收到承包人竣工結(jié)算文件后，是否視為認(rèn)可竣工結(jié)算文件的復(fù)函》明確，適用《司法解釋》第二十條的前提條件是當(dāng)事人之間約定了發(fā)包人收到竣工結(jié)算文件后，在約定期限內(nèi)不予答復(fù)，則視為認(rèn)可竣工結(jié)算文件。承包人提交的竣工結(jié)算文件可以作為工程款結(jié)算的依據(jù)。
   

 （二）關(guān)于固定總價工程款調(diào)整

    目前司法實踐的基本做法是：1、固定總價一般不予打開；2、工程量增減的，依約定。沒有約定或約定不明的，可參照合同約定標(biāo)準(zhǔn)對增減部分單獨結(jié)算。無法參照約定標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算的，可以參照行政主管部門發(fā)布的計價標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算；3、簽訂固定總價合同后，工程發(fā)生重大變化或固定總價所依據(jù)的設(shè)計圖紙發(fā)生重大變更的，按照雙方確定的工程量清單單價據(jù)實計價。
    

（三）關(guān)于認(rèn)定工程依據(jù)

    技術(shù)核定單一般需經(jīng)設(shè)計方、建設(shè)方、監(jiān)理方等確認(rèn)簽字。實踐中發(fā)現(xiàn)施工人憑借技術(shù)核定單主張工程量發(fā)生了變更，進(jìn)而主張相關(guān)權(quán)利。技術(shù)核定單原則上不可以作為工程量增減的依據(jù)，而應(yīng)充分結(jié)合技術(shù)核定單、簽證單、會商紀(jì)要等施工資料進(jìn)行工程量認(rèn)定。
    

（四）建設(shè)工程施工合同無效但驗收合格，“參照合同約定結(jié)算”還是“據(jù)實結(jié)算”

    《司法解釋》第二條：建設(shè)工程施工合同無效，但工程竣工驗收合格，承包人請求參照合同約定支付工程價款的，應(yīng)予支持。“參照合同約定支付工程款”是按照雙方的合同約定來進(jìn)行結(jié)算，并非賦予承包人選擇參照合同約定或者工程定額標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行結(jié)算的權(quán)利。要嚴(yán)格按照雙方的合同約定，雖然合同無效，但是約定條款對結(jié)算的條款仍要嚴(yán)格適用（并非有效）。
    

（五）合同無效情況下哪方可請求參照合同價款結(jié)算

    根據(jù)公平原則，發(fā)包人應(yīng)當(dāng)有權(quán)請求參照合同約定支付工程價款。如果發(fā)包人無權(quán)，那么承包人提出按定額計價，則會使承包人獲得更多的非法利益。
    

（六）關(guān)于無效施工合同中的管理費

    關(guān)于管理費，實踐中也存在爭議：
    有觀點認(rèn)為，管理費為違法分包產(chǎn)生的收益，依法收繳。
    有觀點認(rèn)為，雙方之間管理費約定有效。
    有觀點認(rèn)為，調(diào)整管理費，為因違法轉(zhuǎn)分包產(chǎn)生非法的漁利費用，不宜將管理費認(rèn)定為工程結(jié)算的工程款性質(zhì)。如管理方有一定的付出，則對管理費酌定調(diào)整。
    目前上海地區(qū)司法實踐支持管理費，有時會調(diào)整，但收繳的不多。
  

  （七）合同無效后，其他條款效力的問題

    合同無效后，其他的約定都不能適用的，但很多條款有參考價值。
   

 （八）無效合同的利息問題

    如果利息約定可以適用合同無效，則會產(chǎn)生當(dāng)事人通過約定利息的方式來約定違約金的情況。所以，合同無效時，不適用利息約定。